Entre las propuestas que plantea el informe entregado al Estado colombiano está, identificar el estado, evaluar las tendencias recientes, obstáculos y oportunidades en la gestión sostenible de la biodiversidad y especialmente, hace un llamado de emergencia para colocar en marcha políticas y acciones en los planes de desarrollo nacional, regional y local.
Los compromisos pactados en el Acuerdo de Paz, es otro de los llamados de emergencia que hace el Humboldt, pues el primer punto del acuerdo se enfoca en la transformación de las áreas silvestres, donde se sugiere prestar especial atención, a las fronteras con bosques húmedos tropicales, ocupadas por campesinos para que no aumente la alarma de deforestación en estas zonas.
1122 municipios colombianos tienen 1100 humedales y 30 de ellos tienen más del 70% de su territorio en zonas inundadas, territorio de anfibios muchos en vías de extinción, “urge entonces, el diseño de paisajes anfibios para mantener y limitar las actividades productivas, logrando la funcionalidad de los humedales acordes con la conservación de su carácter ecológico y diversidad biológica características”.
De igual forma una de las propuestas destacadas por parte del Instituto es la creación y administración de “Naturalezas protegidas”, pues el 90% de los municipios definidos para el posconflicto cuentan con parte de su territorio en áreas protegidas.
Finalmente el informe destaca la resistencia cultural y el reconocimiento de territorios étnicos y otras colectivas a conformación y permanencia de los paisajes rurales campesinos, la estabilización y reconversión de territorios ganaderos bovinos, el establecimiento y ampliación de los paisajes agroindustriales, la conformación de enclaves y expansión de las áreas de desarrollo minero y energético, la creación de centros urbanos y su integración en sistemas regionales y la degradación de la tierra y la necesidad urgente de hacer rehabilitación y restauración ecológicas.