De la ponencia original, que contiene 143 artículos, pasaron 133 numerales y se cayeron 10. El segundo debate del proyecto de ley tomó 5 meses y más de 15 sesiones que se desarrollaron en el salón elíptico del Congreso de la República.
En la última sesión, se aprobaron facultades extraordinarias para el presidente de la República, el objetivo es que el ejecutivo pueda expedir actos administrativos que permitan desarrollar procesos de consulta previa para reformas los sistemas de salud especiales de comunidades indígenas, afro, raizales, palenqueras y otros grupos poblacionales. Sin embargo, se cayó el numeral con el que se buscaba capitalizar la Nueva EPS (Congresistas plantearon que esto ya se aprobó en el Plan Nacional de Desarrollo y la proposición se respaldó por la bancada del gobierno).
Según lo aprobado por la plenaria de la Cámara de Representantes:, las EPS entrarían en un proceso de transformación, se llamarían Gestoras de Salud y Vida, auditarían las cuentas del sector, apoyarían la coordinación de las redes de prestación de servicios de salud y recibirían cerca de 8 billones de pesos (8% del total de la bolsa de recursos del sector).
Con respecto a los Centros de Atención Primaria en Salud (CAPS) serán la puerta de entrada al sistema, serán las organizaciones encargadas de registrar a los colombianos en el sistema y la mayoría estarán bajo la categoría de primer nivel de complejidad. Participarán en la coordinación y proceso de referencia de pacientes a los niveles de complejidad elevados dentro del sistema.
Finalmente se determinó que los recursos de la salud serán manejados por la Administradora de Recursos del Sistema de salud (ADRES) que sería la encargada de pagar todas las cuentas en el sector salud, tanto a proveedores como a prestadores de servicios. Esta entidad también se encargará de asumir el riesgo financiero del sistema y, según lo aprobado en segundo debate, administrará la UPC que seguirá siendo la prima que paga el Estado para financiar las atenciones de todos los ciudadanos.
Ahora el articulado aprobado pasará a tercer debate en la comisión séptima del Senado.
