Funza tiene tres pozos profundos ubicados en la Planta Principal de la EMAAF (Empresa Municipal de Acueducto, Alcantarillado y Aseo de Funza), La Aurora y Tienda Nueva. El agua que se extrae de los pozos es potabilizada, almacenada y bombeada a la red de distribución manteniendo las presiones necesarias las 24 horas al día.
Durante el gobierno del alcalde Daniel Bernal, se construirán tres nuevos pozos profundos que aumentarán la capacidad hídrica hasta un 70%, esto con el fin de disminuir la compra de agua en bloque a Bogotá.
Este es un proyecto en el que la administración municipal, sin duda, debe asumir diferentes retos, como la construcción de una nueva PTAP (Planta de Tratamiento de Agua Potable), que precisa una inversión de $30 mil millones de pesos; y la construcción del colector, que consiste en un conducto subterráneo en el que vierten las alcantarillas sus aguas; el cual se ubicará en Siberia, para este último se hará una inversión de $6 mil millones de pesos.
Los funzanos tendrán un benéfico notorio con la materialización de este proyecto. Funza cuenta con 103.500 habitantes, de los cuales 90.622 pertenecen a la zona urbana y 12.878 a la zona rural, esta última es la que más se beneficiará gracias al aumento de la cobertura del servicio de agua potable.